ゲノムプロジェクト
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ゲノムプロジェクトとは、シークエンシングによって生物のゲノムの全塩基配列を解読しようとするプロジェクト。当初はヒトをはじめ、マウスや線虫などのモデル生物が主な対象であったが、多くの生物種に対象は拡大しつつある。各国の公的研究機関がチームを組んでプロジェクトを進行させるケースが多いが、イネや小麦などの主要農産物については企業による解読もなされた。
塩基配列情報は重要なものではあるが、それだけでは生物の理解には不十分であり、遺伝子領域や制御領域の認識、それらの役割の解明などを進めていくことが望まれる。これらの研究をポストゲノムと総称する。
目次 |
[編集] ゲノムプロジェクトとモデル生物の一覧
[編集] 後生動物 Metazoa
- 節足動物 Arthropoda:
- ネッタイシマカ（デング熱） Aedes aegypti
- ヒトスジシマカ Aedes albopictus
- Aedes triseriatus
- マダニ Amblyomma americanum
- ハマダラカ (マラリア) Anopheles gambiae: 2002年10月
- ミツバチ Apis mellifera ligustica
- カイコ Bombyx mori:2004年2月29日
- アカイエカ Culex pipiens
- キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster：BDGP, Celera, 2000年3月24日
- ツェツェバエ （トリパノソーマ） Glossina morsitans
- キョウソヤドリコバチ Nasonia vitripennis
- 脊索動物 Chordata:
- ウシ Bos taurus: 進行中
- イヌ Canis familiaris
- ウマ Equus caballus: 進行中
- ネコ Felis catus: 進行中
- ヒト Homo sapiens
- マウス Mus musculus:
- チンパンジー Pan troglodytes
- ラット Rattus norvegicus：2004年4月1日
- イノシシ、ブタ Sus scrofa
- ニワトリ Gallus gallus
- アフリカツメガエル Xenopus laevis
- アフリカツメガエル Xenopus tropicalis
- メダカ Oryzias latipes: 700 Mbp, NIG、東京大学, 2007年
- ゼブラフィッシュ Danio rerio: 進行中
- トラフグ Fugu rubripes: 365 Mbp
- ミドリフグ Tetraodon nigroviridis
- カタユウレイボヤ Ciona intestinalis
- 線形動物 Nematoda:
- マレー糸状虫（フィラリア） Brugia malayi
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis elegans: 100.274 Mbp, サンガーセンター、ワシントン大学, 1998年
- 吸虫 Trematoda:
- 日本住血吸虫 Schistosoma japonicum
- マンソン住血吸虫 Schistosoma mansoni
[編集] 植物 Plantae
- シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana
- トマト Lycopersicon esculentum
- タルウマゴヤシ Medicago truncatula
- イネ Oryza sativa
- ミヤコグサ Lotus japonicus
- ポプラ Populus trichocarpa
- ブドウ Vitis vinifera: 467.5 Mbp, フランス＆イタリア, 2007年
[編集] 菌類 Fungi
- 子嚢菌 Ascomycota:
- アスペルギルス Aspergillus fumigatus
- アスペルギルス Aspergillus nidulans
- アスペルギルス Aspergillus parasiticus
- アスペルギルス Aspergillus terreus
- カンジダ Candida albicans
- カンジダ Candida glabrata CBS138
- Debaryomyces hansenii
- Fusarium sporotrichioides
- イネバカナエ菌病菌 Gibberella zeae PH-1
- Kluyveromyces lactis
- アカパンカビ Neurospora crassa
- ニューモシスチス・カリニ（カリニ肺炎） Pneumocystis carinii
- 出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae
- 分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe
- Yarrowia lipolytica
- 担子菌 Basidiomycota:
- クリプトコッカス Cryptococcus neoformans
- Phanerochaete chrysosporium
- 微胞子虫 Microsporidia:
- Encephalitozoon cuniculi
[編集] 原生生物
- アピコンプレックス門 Apicomplexa:
- Babesia bovis
- Eimeria tenella
- クリプトスポリジウム Cryptosporidium parvum
- クリプトスポリジウム Cryptosporidium hominis TU502
- Plasmodium berghei
- Plasmodium chabaudi
- 熱帯熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium falciparum
- サルマラリア原虫 Plasmodium knowlesi
- 三日熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium vivax
- Plasmodium yoelii
- Theileria annulata
- Theileria parva
- トキソプラズマ Toxoplasma gondii
- Bacillariophyta（珪藻）:
- Thalassiosira pseudonana
- Cryptophyta:
- Guillardia theta
- Dictyosteliida:
- Dictyostelium discoideum
- Diplomonadida:
- ランブル鞭毛虫 Giardia lamblia
- Entamoebidae:
- 赤痢アメーバ Entamoeba histolytica
- Kinetoplastida:
[編集] 真正細菌
真正細菌は2007年12月11日現在558種のゲノム解読が終了している。大腸菌のように複数の株で読まれているものもあるので、正確には生物種としてはもう少し少ないが、それでも他の生物種に比べ多い。1391種について解読が進行中である。
[編集] 古細菌
2007年12月11日現在、古細菌は未記載種を含め49種でゲノム解読が終了している。3ドメインの中では最も解読数が少ないが、発見種も少ないので、解読された割合自体は最も高い。ほぼ全ての目に渡って解読種が存在する。
- ユリアーキオータ
- 高度好塩菌
- ハロバクテリウム属 - Halobacterium sp. NRC-1
- ハロアーキュラ属 - Haloarcula marismortui
- ハロクアドラタム属 - Haloquadratum walsbyi
- ナトロノモナス属 - Natronomonas pharaonis
- メタン菌
- メタノコッカス属 - Methanococcus jannaschii, M. maripaludis (S2, C5, C6, C7株), M. aeolicus, M. vannielii
- メタノサルシナ属 - Methanosarcina acetivorans, M. barkeri, M. mazei
- メタノコッコイデス属 - Methanococcoides burtonii
- メタノサエタ属 - Methanosaeta thermophila
- メタノスピリルム属 - Methanospirillum hungatei
- メタノコルプスキュラム属 - Methanocorpusculum labreanum
- メタノクレウス属 - Methanoculleus marisnigri
- メタノバクテリウム属 - Methanobacterium thermoautotrophicum
- メタノスファエラ属 - Methanosphaera stadtmanae
- メタノブレビバクター属 - Methanobrevibacter smithii
- メタノピラス属 - Methanopyrus kandleri
- Candidatus Methanoregula boonei
- Uncultured methanogenic archaeon RC-I
- その他好熱菌
- 高度好塩菌
- クレンアーキオータ
- 亜硝酸古細菌
- ニトロソプミラス属 - Nitrosopumilus maritimus
- 好熱菌
- エアロパイラム属 - Aeropyrum pernix
- スタフィロサーマス属 - Staphylothermus marinus
- イグニコッカス属 - Ignicoccus hospitalis
- ハイパーサーマス属 - Hyperthermus butylicus
- スルフォロバス属 - Sulfolobus solfataricus, S. tokodaii, S. acidocaldarius
- メタロスファエラ属 - Metallosphaera sedula
- パイロバキュラム属 - Pyrobaculum aerophilum, P. islandicum, P. calidifontis, P. arsenaticum
- カルディヴィルガ属 - Caldivirga maquilingensis
- サーモフィラム属 - Thermofilum pendens
- 亜硝酸古細菌
- ナノアーキオータ
- Nanoarchaeum equitans
[編集] 細胞内小器官
葉緑体やミトコンドリアもそれぞれ独自にゲノムを持っており、これらについてのゲノムプロジェクトも進行している。
[編集] ウイルス
ウイルスは宿主の遺伝子に依存しているため、ゲノムが短く、非常にはやくゲノム解読が終了する。2004年4月10日現在、1274種類のゲノムが解読済み。最近ではSARSウイルスで行われた。 2004年には、ウィルスとしては最大級のミミウィルスが解読された。ミミウィルスは大腸菌の約1／5の大きさでファージと比べ物にならないくらい大きい。普通の細菌と大きさは同等である。
[編集] メタゲノム
メタゲノムシークエンシングとは、土壌や海水、生物の消化器官内などに存在する微生物のゲノムを まとめて決定する方法であり、単離培養が困難な生物のゲノムを決定したり、生物のコミュニティとしてのゲノムを決定するために行われている。
