Han er president i Aakhil Nepal National Free Student Union-Revolutionary (ANNFSU(R) – den All-nepalske frie nasjonale studentunionen (revolusjonær), som er studentforbundet til maoistpartiet NKP (Maobadi).

Under borgerkrigen i Nepal (1996–2006) var ANNFSU(R) blant NKP(M)s mest effektive organisasjoner. Sjelv om studentforbundet var forbudt fra vinteren 2001/2002, gjennomførte det blant annet store skolestreiker som stengte tusener av skoler.

Med Nepane i ledelsen skapte det en populær skolepolitikk som blant annet drev kampanje mot skolepenger ved privatskolene, som var blitt en stadig større byrde for nepalere som klarte å sende barna sine til videregående undervisning.

I denne perioden ble Nepane NKP(M)s mest kjente yngre leder, en generasjon yngre enn de sentrale maoistlederne som Prachanda.

Han var ettersøkt av politiet etter at den andre våpenhvilen i borgerkrigen brøt sammen høsten 2003.

I siste fase av krigen rekrutterte maoistenes hær (Peoples Liberation Army, PLA) kraftig. Studenter og skolelever spilte også en stor rolle i massedemonstrasjoner mot regjeringen. Nepane ble i forbindelse med det anklaget av sine motstandere for å rekruttere barn som soldater og aktivister for maoistene.

Under demokratiopprøret Jana Andolan 2006 var Nepane en av de første lederne av NKP(M) som ble sendt inn i Kathmandu tidlig i april, like etter at demonstrasjonene begynte, for å ta ledelsen i partiets arbeid innenfor opprøret. Sist i april var han blant de aller første maoistlederne som sto fram offentlig og talte i Kathmandu, mens partiet ennå formelt var forbudt.

På ANNFSU(R)s 17. nasjonale konferanse, i september 2006, ble han gjenvalgt. Han hevdet da at organisasjonen hadde 1,2 millioner medlemmer, og stilte parolen om å rekruttere 1 million til.

Om Lekhnath Nepanes bakgrunn og familie er ikke noe kjent.