五稜郭機関区（ごりょうかくきかんく）は、北海道函館市昭和4丁目43-1にある日本貨物鉄道（JR貨物）の車両基地である。
函館本線五稜郭駅構内の北端に位置し、北海道旅客鉄道（JR北海道）函館運輸所青函派出所に隣接している。付近にはかつて五稜郭操車場があった。
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以下は、2008年4月1日現在の所属車両である[1]。運用区間は、2008年3月15日改正時点のものである[2]。
また、構内にはEH500形電気機関車、DF200形ディーゼル機関車なども留置される。
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