天主教海门教区成立于1926年，是天主教在中国第一批由本国主教负责的教区之一。
清乾隆初年，外国传教士到崇明、海门传教。在天主教被查禁期间，这一带是天主教秘密传播的重要基地。19世纪末，信徒人数又有较大增加。1926年，教廷设立了海门代牧区，主教座堂设在海门，首任主教是中国神父朱开敏。管理江苏省长江口北岸的崇明（包括启东）、南通、如皋、泰兴、靖江等县的教务。信徒有3万人，其中大部分位于崇明县。1946年，天主教在中国实行圣统制，海门代牧区改设正式教区。
1959年，海门教区实行自选自圣主教，郁成才当选为正权主教。1960年，主教公署自海门迁往南通市狼山圣母堂。崇明县划归天主教上海教区。
海门教区是天主教在江苏省境内的4个正式教区之一（海门教区、天主教徐州教区、天主教南京教区和天主教苏州教区）。信徒有3万人，其中启东约15000人，海门约10000人。
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