São Miguel começou a surgir em 1952, quando José Pereira do Nascimento, Lonzorick Belém e Ovídio Martins de Souza, chegaram à região para o desenvolvimento de projetos agropecuários. Considerado o fundador do Município, José Pereira ganhou fama pela prática de curandeirismo e rituais espíritas.

As noticias da fertilidade das terras banhadas pelo rio Araguaia atraíram colonos de diversas regiões do país, principalmente do sul de minas gerais, o que levou o Estado a lotear as terras devolutas existentes na área.

Esse sistema resultou em aumento expressivo da produção agrícola, promovendo o acelerado desenvolvimento da região. Em 14 de novembro de 1958, pela Lei Estadual nº 2137, passou-se diretamente a município com a denominação de São Miguel do Araguaia.

Por muito tempo o povoado foi conhecido apenas por São Miguel, nome também do ribeirão que corta a cidade, posteriormente ganhou o apelido pouco elogioso de "Ponta da linha". A cidade ganhou o nome atual em louvor à São Miguel Arcanjo, padroeiro do Município e por estar próximo ao Rio Araguaia, incorporou também seu nome.

Servido pelas rodovias BR 080 (sem pavimentação), GO 164 e GO 244, São Miguel do Araguaia está a 474 quilômetros de Goiânia, a capital do estado.

Localizado às margens do Rio Araguaia, através do porto de Luiz Alves, com belíssimas e únicas paisagens naturais e magnificas praias fluviais. É o ponto de acesso à ilha do bananal, maior ilha fluvial do mundo. São Miguel do Araguaia vive da agricultura, pecuária, turismo e comércio.