Bioinformatika

A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából.

A bioinformatika biológiai problémák informatikai vizsgálatával foglalkozó interdiszciplináris tudomány, a biológia és az informatika határterülete.

Tartalomjegyzék 1 Szakterületei 2 Magyarországon 3 Ajánlott irodalom 4 Külső hivatkozások 4.1 Magyar vonatkozású linkek 4.2 Nemzetközi szervezetek és intézmények 4.3 Szoftverek, adatbázisok 4.4 Tanfolyamok, képzések 4.5 Folyóiratok 4.6 Egyéb külső hivatkozások

[szerkesztés] Szakterületei

Három különösen rohamosan fejlődő szakterülete ismert:

• a szupraindividuális bioinformatika, amely az ökológiai rendszerek szimulációját és az ökológiai információs rendszerek komplex fejlesztését jelenti. Ennek a szakterületnek már ma is rengeteg alkalmazása van a mezőgazdaság-tudományban, járványtanban, valamint a környezet- és természetvédelemben.
• a molekuláris bioinformatika, amely a biológiai információhordozó molekulák (nukleinsavak, fehérjék) szekvenciájának elemzésével foglalkozik. Fontos eszköze volt és a Humán Genom Projektnek, a jövőben pedig új alapokra helyezheti a rendszertani kutatásokat, megteremtve egy egységes Bioszisztematika lehetőségét. Nem elhanyagolható a molekuláris bioinformatika szerepe az új gyógyszerhatóanyagok kutatásában sem.
• a számítástechnikai bioinformatika, biológiai rendszerek és komponenseik műszaki számítástechnikai felhasználásának lehetőségeit vizsgáló bionikai fejlesztési irány. (Ma még inkább proto-tudománynak tekinthető).

[szerkesztés] Magyarországon

Hazánkban 2006. március 4-én alapították meg a Magyar Bioinformatikai Társaságot.

[szerkesztés] Ajánlott irodalom

• Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003. ISBN 0470843942
• Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F., eds., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, third edition. Wiley, 2005. ISBN 0471478784
• Claverie, J.M. and C. Notredame, Bioinformatics for Dummies. Wiley, 2003. ISBN 0764516965
• Durbin, R., S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0521629713
• Kohane, et al. Microarrays for an Integrative Genomics. The MIT Press, 2002. ISBN 026211271X
• Michael S. Waterman, Introduction to Computational Biology: Sequences, Maps and Genomes. CRC Press, 1995. ISBN 0412993910
• Mount, David W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis Spring Harbor Press, May 2002. ISBN 0879696087
• Pevzner, Pavel A. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach The MIT Press, 2000. ISBN 0262161974

[szerkesztés] Külső hivatkozások

[szerkesztés] Magyar vonatkozású linkek

• Magyar Bioinformatikai Társaság
• Magyar Agrárinformatikai Szövetség
• BCE Multidiszciplináris Doktori Iskola
• Szupraindividuális Bioinformatikai Publikációk
• Statisztika és biostatisztika tanácsadás – statisztikus.hu

[szerkesztés] Nemzetközi szervezetek és intézmények

• • The International Society for Computational Biology
  • Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org): The Open-Access Institute
  • European Bioinformatics Institute
  • Genetic Information Research Institute
  • Open Bioinformatics Foundation: umbrella non-profit organization supporting certain open-source projects in bioinformatics

[szerkesztés] Szoftverek, adatbázisok

• • AMOS: a modular, open-source genome assembler
  • BioSimGrid: a distributed database for biomolecular simulations
  • Bioconductor
  • Diamond STING
  • UPMC Bioinformatics Web Tools
  • BioJava
  • BIOMAP Project: Creating a Unified Global Map of various Macromolecular Biological Structures
  • Biomolecular Interaction Network Database
  • BioPerl
  • BioPHP
  • BioLinux
  • BioPython
  • BioRuby
  • CIPRES Project: The Cyber-Infrastructure for Phylogenetic Research
  • EMBOSS
  • Ensembl
  • GMOD: The Generic Model Organism Database Project
  • HARVESTER: bioinformatic meta search engine for proteins in human, mouse and rat
  • MANATEE: a web-based system for genome annotation and curation
  • Proteome Ontology Project: An effort to build a Protein Ontology Specification, a part of BIOMAP Project
  • Sequerome
  • Seqhound
  • MARBL: Text Indexing & Retrieval from Bioinformatics Libraries GPL open source software package to search Genbank
  • Inverse Document Frequency Weighted Genomic Sequence Retrieval
  • BiDE – The Bioinformatics Desktop Environment – An Open Source project to develop a compact Red Hat Linux-based single CD installation, which provides all the flavours of bioinformatics to your desktop
  • BioCircle BiDE Page
  • eBiotools: A software package that brings most of the Bioinformatics programs to the MacOSX
  • Forensic DNA Fingerprinting

[szerkesztés] Tanfolyamok, képzések

• • A long list of courses world wide.
  • Training courses at the European Bioinformatics Institute.
  • Courses given about Ensembl.

[szerkesztés] Folyóiratok

• • PLoS Computational Biology
  • Evolutionary Bioinformatics Online
  • Nature Molecular Systems Biology
  • Bioinformatics journal
  • BMC Bioinformatics journal
  • Cancer Informatics Open Access journal
  • Online Journal of Bioinformatics
  • EMBnet.News Online Journal
  • Applied Ecology and Environmental Research

[szerkesztés] Egyéb külső hivatkozások

• • OpenSource Bioinformatics / Computational Systems Biology portal
  • Bioinformatics News
  • Books and articles on Bioinformatics from O'Reilly
  • Genome Canada: Canadian Bioinformatics Help Desk
  • Human Genome Project and Bioinformatics
  • Barry Smith's biomedical ontology site
  • Virtual Institute of Microbial Stress and Survival (VIMSS)