Séquence promoteur

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Une séquence promotrice est une région située à proximité d'un gène et indispensable à la transcription, sur laquelle se fixe l'ARN polymérase. Les séquences promotrices peuvent être situées en aval du site d'initiation de la transcription, et même dans le gène transcrit.

La fixation et l'activation de l'ARN polymérase sont contrôlées par des facteurs de transcription (éléments trans-régulateurs) qui se fixent au niveau de séquences cis-régulatrices spécifiques classiquement appelées éléments de réponse, situées à des distances variables du site de démarrage de la transcription. Les facteurs de transcription peuvent être soit des activateurs, soit des répresseurs de la transcription. Par ailleurs, l'ADN n'est pas libre dans le noyau mais enroulé en une structure particulière appelée nucléosomes et associée à des protéines non-histones. L'état de condensation de cette structure chromatinienne au niveau des promoteurs des gènes conditionne leur transcription.

À partir de l'analyse de la séquence de différentes régions promotrices, des séquences consensus ont été établies, dont l'étude a montré qu'il en existe de plusieurs sortes. La première séquence découverte chez les procaryotes est la Pribnow box ou boîte de Pribnow^[1], équivalente de la TATA box ou boîte TATA chez les eucaryotes. Cette séquence, dont le consensus est TATAAT est localisée 10 nucléotides en amont du site de démarrage de la transcription.

Sommaire

1 Promoteur procaryotique de type TATA box
- 1.1 Probabilité d'observation pour chaque nucléotide
2 Séquences promotrices eucaryotes
3 Références

[modifier] Promoteur procaryotique de type TATA box

   <-- amont                                                aval -->
5'-XXXXXXXPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3'
           -35       -10       gène d'intérêt

(L'espacement optimal entre les régions -35 et -10 est de 17 nucléotides)

[modifier] Probabilité d'observation pour chaque nucléotide

 séquence en -10
 T    A    T    A    A    T
77%  76%  60%  61%  56%  82%

 séquence en -35
 T    T    G    A    C    A
69%  79%  61%  56%  54%  54%

[modifier] Séquences promotrices eucaryotes

L'organisation des séquences promotrices est très différentes entre les procaryotes et les eucaryotes. Elle est beaucoup plus complexes chez les eucaryotes.

On distingue plusieurs éléments principaux sur le promoteur des ARNm eucaryotes (core elements) :

le TFIIB Responsive Element (BRE) en 5' du site d'initiation de la transcription (TSS).
la boîte TATA, en 5' du TSS et en 3' de BRE, entre les positions -23 et -33.
la séquence Inr, ou initiator, correspondant au TSS.
le Motif Ten Element (MTE), en 3' du TSS
le Distal Promoter Element (DPE) en 3' du MTE