Classification scientifique des espèces

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Dans les sciences du vivant, le terme de classification tantôt utilisé pour désigner la systématique courante, tantôt utilisé dans le sens de « classification biologique » au sens large pour désigner la suite de rangs taxinomiques qui, du règne à l'espèce, forment les étages de la pyramide accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné.

Les termes concernés ne bénéficient pas d'une définition unanimement admise. Chaque ouvrage scientifique, chaque dictionnaire et pour ainsi dire chaque auteur ayant la sienne. Comme écrivait Small (1989)^[1] : « L'ironie est de constater que les spécialistes en classification biologique n'ont pas réussi à se doter d'une claire systématique et d'une claire nomenclature à l'intérieur de leur propre champ d'activité et de ses composants […] ».

Sommaire

1 De la diversité des classifications
2 Présentation formelle
- 2.1 Terminaisons latines indiquant le rang taxinomique
3 Notes
4 Voir aussi
- 4.1 Articles connexes
- 4.2 Liens externes

[modifier] De la diversité des classifications

classification classique

Règne : Animal

Règne : Plante

Règne : Champignon

Règne : Protiste

Règne : Bactérie

Règne : Archéobactérie

Le besoin de classer semble être lui-même un caractère inhérent à l'espèce humaine. C'est en comparant les organismes vivants que l’Homo sapiens a défini des taxons élémentaires (correspondant souvent au genre et à l'espèce), eux-mêmes classés dans un système.

Liée à une culture, à un état d'avancement des connaissances, toute classification évolue et varie avec l'évolution des sociétés elles-mêmes. En réalité, le découpage conceptuel varie avec chaque langue (y compris les langues de métier), chaque civilisation ou spécialité ayant tendance à surestimer l'objectivité de sa pensée classificatrice.

De plus, alors que la société traditionnelle évolue peu, ou très lentement, c'est l'inverse pour les sociétés dites scientifiques, beaucoup plus versatiles et indépendantes les unes des autres. De ce fait découle la multiplicité de classifications.

[modifier] Classification populaire

Première en date, c'est elle qui « primitivement » (et vernaculairement) a permis de distinguer les genres et les espèces. Elle conserve encore, de nos jours, son importance. Fondée sur des critères simples : l'apparence, les mœurs supposées, les cris, etc. elle ne s'embarrasse guère de données scientifiques. Devant l'inconnu, elle procède par extension et/ou assimilation : par exemple, la souris → la chauve-souris → le kiwi (couvert de poils, le kiwi était pour les chinois assimilable à une souris végétale…). Toutefois, le mécanisme universel de l'assimilation est basé sur une étape de l'observation se retrouve aussi dans la formation des noms scientifiques. La science des hommes n'étant, après tout, « qu'une suite d'erreurs... rectifiées » (Georges Becker).

Culturellement, son étude comparée est des plus savoureuses (cf. par exemple les différents noms communs du coquelicot).

Elle distingue de même, par exemple les hiboux des chouettes, les crapauds des grenouilles, les rats des souris ... toute espèces apparentées qui sont dans l'esprit d'un certain nombre, censées être maris et femmes. Ainsi le hibou serait le mâle de la chouette, le crapaud celui de la grenouille, le corbeau celui de la corneille, etc. Bien sûr cela varie selon les langues et n’a, bien sûr, aucun sens en anglais (dans Tom et Jerry, bien que ce soit une souris, Jerry est un mâle, comme le confirment de nombreux épisodes).

Certes, le côté naïf et spontané de ces croyances peut prêter à sourire (Lorenz) ou même agacer mais il serait vain, et même nuisible, d'en rire, surtout au nom de la Science (la connaissance). Car dans l'imaginaire populaire ces appellations ont une forte signification. Et comme a si bien su le dire Fleming : Pour que le plus grand nombre s'intéresse à la science, la science doit d'abord s'intéresser au plus grand nombre.

[modifier] Classification « primitive »

La vision ethnocentrique qui préjuge d'une supériorité de l'homme moderne sur le primitif est invalidée par de très nombreux travaux comparatifs en anthropologie moderne.

Ces études montrent en effet que, dans tous les cas où l'homme prétendu « primitif » ou sauvage (pour son économie de subsistance) est resté intégré à son milieu, son sens aigu d'observation et sa pleine conscience des rapports entre la vie animale et végétale, qui ne laissent pas d'étonner les scientifiques, constitue une science considérable!

Ainsi, d'après Claude Lévi-Strauss, les indiens Navaho distinguent plus de 500 plantes, les Hanunóo des îles Philippines classent les oiseaux en 75 catégories et divisent leur flore locale, au plus bas niveau, en plus de 1 800 taxons, alors que les botanistes distinguent pour la même flore moins de 1 300 espèces, d'un point de vue scientifique moderne!

Par exemple, dans une population arriérée des îles Ryû-Kyû, le botaniste A.H. Smith rapporte que « même un enfant peut souvent identifier l'espèce d'un arbre d'après un menu fragment de bois et, qui plus est, le sexe de cet arbre selon les idées qu'entretiennent les indigènes sur le sexe des végétaux; et cela en observant l'apparence du bois et de l'écorce, l'odeur, la dureté et d'autres caractères du même ordre ». Les observations de ce type abondent.

L'enseignement qu'on en retire est un rappel de l'évidence : quand on a la prétention de classer scientifiquement l'univers, il importe de recueillir de la façon la plus large possible, l'héritage de tous les classificateurs, qu'ils soient passés ou présents ou quelque soit leur niveau d'éducation.

[modifier] Classification scientifique traditionnelle

Continuellement enrichie depuis sa création princeps, la classification traditionnelle des espèces, actuellement obsolète mais encore très souvent utilisée est issue de celle de Linné. Elle divise le monde vivant en cinq règnes. Elle reste importante dans la mesure où elle imprègne encore de nombreux écrits, souvent récents, ainsi que certains manuels scolaires.

En biologie, la classification scientifique traditionnelle est telle que cinq règnes divisent le monde vivant :

les procaryotes (bactéries et archées) ou cyanobactéries dépourvues de noyau)
les protistes (eucaryotes unicellulaires)
les champignons (eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui décomposent)
les végétaux (eucaryotes pluricellulaires, réalisant la photosynthèse)
les animaux (eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes qui ingèrent)

La classification traditionnelle est basée sur des caractères multiples (biologiques, phénotypiques, physiologiques). Dans de nombreux cas, le critère est la présence d'un caractère, s'opposant à son absence, considérée comme primitive (par exemple vertébrés et invertébrés). Mais les taxons définis par l'absence d'un caractère se sont révélés, à l'usage, très fragiles.

La classification traditionnelle repose sur une hiérarchie fixe de catégories, définie de la façon suivante :

(vivant) → règne → embranchement → classe → ordre → famille → genre → espèce

À titre d'exemple, pour l'espèce humaine (homo sapiens sapiens) :

(vivant) → règne animal → embranchement des vertébrés → classe des mammifères → ordre des primates → famille des hominidés → genre des homo → espèce homo sapiens

[modifier] Classification classique

Article détaillé : Classification classique.

La classification scientifique évolue actuellement, et dorénavant est nommée classification classique, en tenant compte de certaines avancées en classification systématique phylogénétique (voir ci-dessous)

Le terme embranchement est remplacé maintenant par division ou phylum, et la classification admet au dessus de ce niveau des sous-règnes, (ainsi que des super-divisions et sous-divisions en dessous). Au dessus du règne, on parle maintenant d'empire (bien que souvent non présenté dans les arbres phénétiques car implicite et largement documenté par ailleurs) :

(vivant) → (empire →) règne (→ sous-règne) → division → classe → ordre → famille → genre → espèce

[modifier] Classification phylogénétique

Article détaillé : classification phylogénétique.

Toutefois, parallèlement à la classification traditionnelle, s'est développée une classification phylogénétique basée sur le modèle évolutif et la notion d'ascendance commune. Cette nouvelle classification ne valide que des groupes monophylétiques et permet de mieux visualiser les embranchements du vivant constitués par différenciations successives au cours du temps.

La hiérarchie fixe de catégories (espèce, genre, famille, etc.) est abandonnée au profit d'un système de taxons emboîtés dont le rang taxinomique n'est généralement plus spécifié.

La classification traditionnelle en cinq règnes a été ramenée - en l'état actuel des recherches - à 3 domaines du vivant :

Les eubactéries sont des organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau). Elles possèdent une paroi cellulaire constituée de peptidoglycane.
Les archées sont des organismes unicellulaires à structure procaryote. Elles possèdent une paroi cellulaire constituée de lipides spécifiques. D'un point de vue écologique, ce sont souvent (mais pas toujours) des extrémophiles.
Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau délimité par une membrane ; ils possèdent des mitochondries ; la multiplication cellulaire a lieu par mitose ; l'ADN est divisé en chromosomes et ils présentent une reproduction de type sexuée.

L'une et l'autre des classifications ayant leurs mérites et leurs limites, leur usage conjoint dans une systématique dite pragmatique (au quotidien) n'est donc pas absurde, dans la mesure de leur complémentarité.

[modifier] Présentation formelle

La langue utilisée par les scientifiques pour décrire (diagnose originale) et nommer les espèces vivantes est le latin. Une espèce est désignée par un 'binôme, combinant un nom de genre commençant par une majuscule suivi d'une épithète spécifique (entièrement en minuscules) et, autant que possible suivie de la citation abrégée du nom de l'auteur (en botanique) ou en entier (en zoologie) qui a le premier décrit l'espèce sous ce nom; le nom complet est en italique. Donnons un exemple pour chaque règne :

Homo sapiens Linnaeus, 1758 ;
Escherichia coli Escherich, 1885 ;
Amanita phalloides (Pers. : Fr.) Gray ;
Mus musculus Linnaeus, 1758 ;
Pulsatilla vulgaris Mill., 1754.

Traditionnellement, et jusqu'à la fin du siècle dernier, les principales langues scientifiques étaient, à égalité : l'allemand, l'anglais, l'espagnol, le français et l'italien (les codes de nomenclatures, par exemple, étant simultanément édités en 5 langues officielles). Mais de nos jours, dans les publications et communications, l'anglais se positionne de plus en plus en concurrence avec le latin et tente même parfois de le supplanter… La progression hégémonique de l'anglais touche d'ailleurs tous les domaines, y compris la langue internationale officielle de la poste, qui était (depuis près de deux siècles) le français.

[modifier] Terminaisons latines indiquant le rang taxinomique

La nomenclature a établi une terminologie codifiée qui permet, au vu de la seule terminaison (ou suffixe) d'un taxon quelconque, de savoir quel est son rang taxinomique dans la hiérarchie systématique :

Empire	Procaryote	Eucaryote
Rang \ Règne	Bactérie et Archée Bacteria et Archaea	Plante Plantae	Algue Protista	Champignon Fungi	Animal^[2] Animalia
Embranchement, Division ou Phylum	...	-phyta		-mycota	...
Sous-embranchement, Sous-division ou Sous-phylum	...	-phytina		-mycotina	...
Classe	...	-opsida	-phyceae	-mycetes	...
Sous-classe	...	-idae	-phycidae	-mycetidae	...
Superordre	...	-anae		...	...
Ordre	-ales				...
Sous-ordre	-ineae				...
Infra-ordre	...	-aria		...	...
Superfamille	...	-acea		...	-oidea
Famille	-aceae				-idae
Sous-famille	-oideae				-inae
Tribu	-eae	-eae, ae			-ini
Sous-tribu	-inae				-ina
Genre	-us, -a, -um, -is, -os, -ina, -ium, -ides, -ella, -ula, -aster, -cola, -ensis, -oides, -opsis…

Au-dessous du rang de genre, tous les noms de taxons sont appelés combinaisons. Bien qu'elles ne figurent pas dans ce tableau, la plupart reçoivent également une terminaison latine plus ou moins codifiée selon les disciplines. On distingue plusieurs catégories de combinaisons :

Entre genre et espèce (sous-genre, section, sous-section, série, sous-série, etc.), les combinaisons sont infragénériques et binominales: nom de genre, puis après indication du rang, une épithète infragénérique, par exemple le cèpe appartient à la section « Boletus sect. Edules » ;

Au rang d'espèce, les combinaisons sont spécifiques et binominales ;
Au dessous de l'espèce les combinaisons sont infraspécifiques et trinominales.

Les terminaisons de ces épithètes suivent les mêmes règles de syntaxe latine et d'exception que les épithètes spécifiques.

Pour les détails, chaque discipline biologique ayant des règles nomenclaturales sensiblement différentes, voir les articles suivants :

[modifier] Notes

↑ in K.J. Sytsma et J.C. Pires, 2001, Taxon 50, p.726
↑ Pour le règne animal, des suffixes par défaut sont seulement mis en place à partir du rang (zoologique) de superfamille (ICZN article 27.2).