被子植物APG分类法
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《被子植物APG分类法》是1998年由被子植物种系发生学组（APG）出版的一种对于被子植物的现代分类法。这种分类法和传统的依照形态分类不同，是主要依照植物的三个基因组DNA的顺序，以亲缘分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。
在科一级的分类时，这种分类法因为将一些传统的科分为几个科，或将几个传统的科合并，引起了很大的争议。在目以上的分类时，这种分类法没有使用传统的分类名称：门和纲，而是使用“分支”，例如单子叶植物分支、真双子叶植物分支、蔷薇分支、菊分支等。
2003年这种分类法出版了修订版：《被子植物APG II分类法 (修订版)》。
基本分支如下：
- 被子植物 angiosperms :
参见 颜色示意图
APG系统下设分类包括40个目和462个科，下列表中开始部分是没有分到任何一个分支内的科或目。有的科分布地域非常狭小或新分出的科，尚未有通用的汉语译名。
- 被子植物分支 angiosperms
- 单子叶植物分支 monocots
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- 菖蒲目 Acorales
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- 菖蒲科 Acoraceae
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- 泽泻目 Alismatales
- 天門冬目 Asparagales
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- 百子莲科 Agapanthaceae
- 龙舌兰科 Agavaceae
- 葱科 Alliaceae
- 石蒜科 Amaryllidaceae
- 知母科 Anemarrhenaceae
- 吊兰科 Anthericaceae
- 星捧月科 Aphyllanthaceae
- 天門冬科 Asparagaceae
- 独尾草科 Asphodelaceae
- 芳香草科 Asteliaceae
- 非洲菝葜科 Behniaceae
- 香水花科 Blandfordiaceae
- 澳韭兰科 Boryaceae
- 铃兰科 Convallariaceae
- 矛花科 Doryanthaceae
- 萱草科 Hemerocallidaceae
- 异菝葜科 Herreriaceae
- 风信子科 Hyacinthaceae
- 仙茅科 Hypoxidaceae
- 鸢尾科 Iridaceae
- 鸢尾蒜科 Ixioliriaceae
- 毛石蒜科 Lanariaceae
- 异蕊草科 Laxmanniaceae
- 兰科 Orchidaceae
- 蓝星科 Tecophilaeaceae
- 紫灯花科 Themidaceae
- 刺叶树科 Xanthorrhoeaceae
- 血剑草科 Xeronemataceae
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- 薯蕷目 Dioscoreales
- 百合目 Liliales
- 露兜树目 Pandanales
- 鸭跖草分支 commelinoids
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- 真双子叶植物分支 eudicots
- 核心真双子叶植物分支 core eudicots
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- 石竹目 Caryophyllales
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- 玛瑙果科 Achatocarpaceae
- 番杏科 Aizoaceae
- 苋科 Amaranthaceae
- 钩枝藤科 Ancistrocladaceae
- 翼萼茶科 Asteropeiaceae
- 落葵科 Basellaceae
- 仙人掌科 Cactaceae
- 石竹科 Caryophyllaceae
- 龙树科 Didiereaceae
- 双钩叶科 Dioncophyllaceae
- 茅膏菜科 Droseraceae
- 露叶毛毡苔科 Drosophyllaceae
- 瓣鳞花科 Frankeniaceae
- 粟米草科 Molluginaceae
- 猪笼草科 Nepenthaceae
- 紫茉莉科 Nyctaginaceae
- 非洲桐科 Physenaceae
- 商陆科 Phytolaccaceae
- 蓝雪科 Plumbaginaceae
- 蓼科 Polygonaceae
- 马齿苋科 Portulacaceae
- 棒木科 Rhabdodendraceae
- 肉叶刺茎藜科 Sarcobataceae
- 油蜡树科 Simmondsiaceae
- 闭籽花科 Stegnospermataceae
- 柽柳科 Tamaricaceae
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- 檀香目 Santalales
- 虎耳草目 Saxifragales
- 蔷薇分支 rosids
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- 牻牛儿苗目 Geraniales
- I类真蔷薇分支 eurosids I
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- 葫芦目 Cucurbitales
- 豆目 Fabales
- 壳斗目 Fagales
- 金虎尾目 Malpighiales
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- 钟花科 Achariaceae
- 槲树果科 Balanopaceae
- 油桃木科 Caryocaraceae
- 金壳果科 Chrysobalanaceae
- 藤黄科 Clusiaceae
- 毒鼠子科 Dichapetalaceae
- 古柯科 Erythroxylaceae
- 大戟科 Euphorbiaceae
- 合丝花科 Euphroniaceae
- 大风子科 Flacourtiaceae
- 毛药树科 Goupiaceae
- 亚麻藤科 Hugoniaceae
- 香膏科 Humiriaceae
- 金丝桃科 Hypericaceae
- 包芽树科 Irvingiaceae
- 粘木科 Ixonanthaceae
- 裂药花科 Lacistemataceae
- 亚麻科 Linaceae
- 王冠草科 Malesherbiaceae
- 金虎尾科 Malpighiaceae
- 水母柱科 Medusagynaceae
- 金莲木科 Ochnaceae
- 小盘木科 Pandaceae
- 西番莲科 Passifloraceae
- 非洲核果木科 Putranjivaceae
- 羽叶树科 Quiinaceae
- 红树科 Rhizophoraceae
- 杨柳科 Salicaceae
- 杯盖花科 Scyphostegiaceae
- 三角果科 Trigoniaceae
- 时钟花科 Turneraceae
- 堇菜科 Violaceae
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- 酢浆草目 Oxalidales
- 蔷薇目 Rosales
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- II类真蔷薇分支 eurosids II
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- 瘿椒树科 Tapisciaceae
- 十字花目 Brassicales
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- 叠珠树科 Akaniaceae + 钟萼木科 Bretschneideraceae
- 藜木科 Bataceae
- 十字花科 Brassicaceae
- 番木瓜科 Caricaceae
- 澳远志科 Emblingiaceae
- 环蕊科 Gyrostemonaceae
- 刺枝树科 Koeberliniaceae
- 池花科 Limnanthaceae
- 辣木科 Moringaceae
- 瘤药树科 Pentadiplandraceae
- 木犀草科 Resedaceae
- 刺茉莉科 Salvadoraceae
- 夷白花菜科 Setchellanthaceae
- 烈味三叶草科 Tovariaceae
- 旱金莲科 Tropaeolaceae
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- 锦葵目 Malvales
- 桃金娘目 Myrtales
- 无患子目 Sapindales
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- 菊分支 asterids
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- 山茱萸目 Cornales
- 杜鹃花目 Ericales
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- 猕猴桃科 Actinidiaceae
- 凤仙花科 Balsaminaceae
- 山柳科 Clethraceae
- 翅萼树科 Cyrillaceae
- 岩梅科 Diapensiaceae
- 柿树科 Ebenaceae
- 杜鹃花科 Ericaceae
- 福桂花科 Fouquieriaceae
- 银钟花科 Halesiaceae
- 玉蕊科 Lecythidaceae
- 蜜囊花科 Marcgraviaceae
- 紫金牛科 Myrsinaceae
- 假红树科 Pellicieraceae
- 花荵科 Polemoniaceae
- 报春花科 Primulaceae
- 捕蝇幌科 Roridulaceae
- 山榄科 Sapotaceae
- 瓶子草科 Sarraceniaceae
- 野茉莉科 Styracaceae
- 山矾科 Symplocaceae
- 厚皮香科 Ternstroemiaceae
- 四籽树科 Tetrameristaceae
- 山茶科 Theaceae
- 假轮叶科 Theophrastaceae
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- I类真菊分支 euasterids I
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- 绞木目 Garryales
- 龙胆目 Gentianales
- 唇形目 Lamiales
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- 爵床科 Acanthaceae
- 海榄雌科 Avicenniaceae
- 紫葳科 Bignoniaceae
- 醉鱼才科 Buddlejaceae
- 腺毛草科 Byblidaceae
- 盘果木科 Cyclocheilaceae
- 苦苣苔科 Gesneriaceae
- 唇形科 Lamiaceae
- 狸藻科 Lentibulariaceae
- 苦橄榄科 Myoporaceae
- 木犀科 Oleaceae
- 泡桐科 Paulowniaceae
- 胡麻科 Pedaliaceae + 角胡麻科 Martyniaceae
- 透骨草科 Phrymaceae
- 车前科 Plantaginaceae
- 夷地黄科 Schlegeliaceae
- 玄参科 Scrophulariaceae
- 密穗草科 Stilbaceae
- 四粉草科 Tetrachondraceae
- 马鞭草科 Verbenaceae
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- 茄目 Solanales
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- II类真菊分支 euasterids II
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注: "+ ..." 是一种建议选择，也可以单独分为一科。
- 系属不清的科：
- 蛇菰科 Balanophoraceae
- 多子科 Bonnetiaceae
- 心翼果科 Cardiopteridaceae
- 垂籽树科 Ctenolophonaceae
- 锁阳科 Cynomoriaceae
- 簇花草科 Cytinaceae
- 十齿花科 Dipentodontaceae
- 沟繁缕科 Elatinaceae
- 四棱果科 Geissolomataceae
- 单柱花科 Hoplestigmataceae
- 扁果树科 Kaliphoraceae
- 洋酢浆草科 Lepidobotryaceae
- 光果科 Lissocarpaceae
- 五翼果科 Lophopyxidaceae
- 毛丝花科 Medusandraceae
- Mettenusiaceae
- 帽蕊草科 Mitrastemonaceae
- 盔瓣花科 Paracryphiaceae
- 五列木科 Pentaphylacaceae
- 围盘树科 Peridiscaceae
- 斜翼科 Plagiopteraceae
- 单室木科 Pottingeriaceae
- 肋果茶科 Sladeniaceae
- 栓皮果科 Strasburgeriaceae
- 苦皮树科 Tepuianthaceae
