吳本杰字芷獻，為中國清朝官員，本籍福建。吳本杰於1886年（光緒12年）奉旨接替程起鶚，於台灣地區擔任台灣府知府。而此官職是台灣清治時期此期間，受台灣道制約的台灣地方父母官。（不含台北）
| 前任： 程起鶚 |
台灣府知府 1886年上任 |
繼任： 邵友濂（升格為福建台灣布政使） |
| 前任： 朱和鈞 |
台南府知府 1890年上任 |
繼任： 方祖蔭 |
| 前任： 佘修梅 |
台灣府南路撫民理番同知 1885年上任 |
繼任： 潘文鳳 |
| 前任： 陳燦 |
台灣府南路撫民理番同知（改制為台東直隸州知州） 1888年上任 |
繼任： 王維敘（台東直隸州知州） |
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