仁慈堂博物館，是位於澳門議事亭前地旁邊的仁慈堂大樓內的博物館，為澳門慈善機構仁慈堂的物業。仁慈堂博物館於2001年12月14日正式揭幕，展出了大部份來自仁慈堂值理會主席飛安達的私人珍藏。
詳見主條目仁慈堂大樓
仁慈堂博物館所在的仁慈堂大樓始建於18世紀，在1905年才改建為現時模樣。在2005年，以澳門歷史城區的部分被列入世界文化遺產的名錄內。
仁慈堂博物館的珍藏包括：印有耶穌會徽號的陶瓷器皿、仁慈堂的歷史文獻「澳門仁慈堂章程」手抄原件、白馬行醫院的銅鐘、天主教的一些祭器用品和聖像等文物。這些歷史文物都反映了天主教在亞洲活動與其衍生的文化特色。另外，仁慈堂博物館還存放了仁慈堂創建者賈耐勞（澳門天主教第一任主教）的全身畫像、頭顱遺骨和陪葬品十字架。
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