국방부 검찰단(國防部檢察團)은 군사법원법 및 군검찰부의조직에관한규정(대통령령)을 근거로 2000년 7월 1일 창설된 국방부장관 직속 군내최고검찰기관이다.
국방부와 국방부직할기관 소속 군인, 군무원 등의 범죄 및 육해공군의 중요형사사건을 관할하며, 사건수사, 공소제기, 상소, 국가소송 수행등의 임무를 수행한다. 국방부검찰단은 장관급 또는 영관급 군법무관으로 보임하는 검찰단장을 정점으로 고등검찰부, 보통검찰부, 송무부 및 사무처로 구성되어 있다. 2006년 1월 현재, 육해공군의 모든 검찰조직까지 포괄하여 국방부직할기관화함으로써 그 중립성과 전문성을 제고하기 위한 "군검찰의 조직에 관한 법률(안)"이 국회에 제출되어 있는 상태이다.
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