Benutzer:Wonkoderverstaendige

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Inhaltsverzeichnis 1 ÜBER (m)ICH 1.1 Taxon 1.2 Persönliche Daten 1.3 Religion 1.4 Berufliches 2 Sammlung wissenswerter und unwissenswerter Informationen (oder: Notizbuch) 2.1 «» Sequenzvergleich «» 2.2 «» Proteinstruktur «» 2.3 «» Enzyme und Metabolismus «» 2.4 «» Phylogenetik und MoBi«»

Bild:Avatar wonkoderverstaendige.jpg

[Bearbeiten] ÜBER (m)ICH

[Bearbeiten] Taxon

Vom Affen abstammende, oder vom FSM kreierte, kohlenstoffbasierte Lebensform.

[Bearbeiten] Persönliche Daten

• Den 42/2ten Geburtstag am 5. Towelday gefeiert, da 42*2er Jahrgang.
• Zungenroller.

[Bearbeiten] Religion

• FSM, jedoch kein Pirat

[Bearbeiten] Berufliches

Aus Gründen der Weiterbildung momentaner Strag. Es zeigte sich, das trotz Handtuchs fundamentales Wissen über die eigene Biochemie, den Aufenthalt in Weltraumspelunken der anderen Seite unserer Galaxis, vor allem aber den regelmäßigen Konsums des Pangalaktischen Donnergurglers weitaus erträglicher gestaltet. Der Erdstudiengang Biotechnologie vermittelt zudem noch grundlegendes Wissen zur Kommunikation mit Produkten der Sirius-Kybernetik-Corporation.

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[Bearbeiten] Sammlung wissenswerter und unwissenswerter Informationen (oder: Notizbuch)

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Tools und Infos

1. BioInfo Tutorial: http://informatics.umdnj.edu/bioinformatics/workshops/introduction/index.htm (Besser spät als nie...)
2. Expasy: http://www.expasy.org/
3. NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ENTREZ!!!!
   1. Gene 4 Genkontext
   2. MapViewer
   3. ORF finder
4. EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/
5. http://genius.embnet.dkfz-heidelberg.de/menu/ (Toolsammlung HUSAR)

[Bearbeiten] «» Sequenzvergleich «»

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Konverter und GenomDB

1. http://www.mybio.net/biowiki/Sequence_format_conversion
   1. http://au.expasy.org/srs5/ (Sequence Retrieval System)
2. http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/CMR/CmrHomePage.cgi (Prokarya Genome)
3. http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
4. http://www.sanger.ac.uk/HGP/ (Human Genome Project)

BLAST

1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2. http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html
3. http://www.ebi.ac.uk/Tools/similarity.html

FASTA

1. http://www.ebi.ac.uk/fasta33/

Multiple Alignment

1. http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
2. http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html
3. http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
4. http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi (grafisch)

weiteres s.u.

[Bearbeiten] «» Proteinstruktur «»

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Domänen

1. http://us.expasy.org/tools/scanprosite/
   1. Syntax:http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSAHLP/npsahlp_pattsyntax.html oder http://us.expasy.org/tools/scanprosite/scanprosite-doc.html#patsyntax
   2. AS-Code:http://wwwchem.csustan.edu/chem4400/code.htm
2. http://www.ebi.ac.uk/ppsearch/
3. pattern in proteins: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_pattinprot.html

Familien (PFAM)

1. http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ (von da bei Treffer zu "View HMM"-Button der Familie)
2. PfamAlyzer: http://pfam.cgb.ki.se/pfamalyzer/index.html (Kombinationen aus Domänen zusammenstellen)

him:

1. http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/search.shtml
2. http://pfam.cgb.ki.se/pfamalyzer/
3. http://pfam.wustl.edu/
4. http://pfam.cgb.ki.se/

Models

1. Swiss Model Repository: http://swissmodel.expasy.org/repository/smr.php?job=3
2. http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Tutorial DeepView+Rasmol

1. http://www.usm.maine.edu/~rhodes/Biochem/index.html (unten)

[Bearbeiten] «» Enzyme und Metabolismus «»

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1. http://www.expasy.org/enzyme/
2. http://www.brenda.uni-koeln.de/

Pathways

1. http://www.genome.jp/kegg/genes.html

[Bearbeiten] «» Phylogenetik und MoBi«»

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Codon Usage http://gcua.schoedl.de/

Stammbäume

1. http://www.genebee.msu.su

Primer & Nukleasen

1. http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm
2. http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
3. http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

Gene

1. http://genome.dkfz-heidelberg.de/cgi-bin/GENSCAN/genscan.cgi (Zerplücken in Introns, Exons, blablabla)
2. http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ (Gene Discovery Suite)
3. http://regulondb.ccg.unam.mx/index.html (Genregulation)