Bioinformatik-Harvester
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Der Bioinformatik-Harvester (englisch harvester, „die Erntemaschine, -arbeiterin“) ist eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus und Ratte. Der Harvester vereint oder verlinkt den Inhalt von ca. 26 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles "ranking"-Verfahren (ähnlich dem Google-Pagerank) sortiert vorab die Informationen und präsentiert dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit.
NCBI-BLAST | CDART | CDD | Ensembl | Flybase | Flymine | NCBI-Entrez | Genome-Browser | GeneCard | GFP-cDNA | Google Scholar | GoPubMed | H-InvDB | HomoloGene | iHOP | IPI | Mitocheck | OMIM | PolyMeta | PSORT | Unigene | UniProt | SMART | SOSUI | SOURCE | RZPD | STRING
Inhaltsverzeichnis |
[Bearbeiten] Funktionsweise
Der Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder "prediction"-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die Uniprot-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums und die IPI Datenbank (international protein index). Die Harvester-Sammlung umfasst derzeit:
- Mensch: ~ 72.000 Seiten
- Maus: ~ 54.000 Seiten
- Ratte: ~ 41.000 Seiten
- Zebrafisch: ~ 45.000 Seiten
- Arabidopsis: ~ 34.000 Seiten
- Drosophila: ~ 33.000 Seiten
[Bearbeiten] Harvester vereint folgende bioinformatische Informationen
[Bearbeiten] Textbasierte Informationen
...von den folgenden Datenbanken
- Uniprot, weltweit größte Protein-Datenbank
- SOURCE, übersichtliche Darstellung von Geninformationen
- Simple Modular Architecture Research Tool (SMART),
- SOSUI, untersucht Transmembrandomänen
- PSORT, Vorhersage für Protein-Lokalisierung
- Homologene, vergleicht Proteine verschiedener Spezies
- gfp-cdna, Protein-Lokalisierung mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie
- International Protein Index (IPI).
- OMIM, Umfangreiche Datenbank über Genveränderungen im Menschen
[Bearbeiten] Datenbanken reich an graphischen Elementen
werden nicht "gesammelt", sondern in sogenannten iframes verlinkt. Iframes sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken "hindurchsehen". Mehrere solcher iframe-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.
Derzeit werden folgende Server mittels iframes auf Harvester-Seiten vereint:
- NCBI-BLAST, findet lokale Sequenzübereinstimmungen
- Conserved Domain Database findet Proteindomänen bekannter Funktion
- Ensembl, Automatische Genannotation. Ein Projekt von EMBL-EBI und Sanger-Institut
- RZPD, Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung in Berlin/Heidelberg
- STRING, Server für die Darstellung von interagierenden Genen und Proteinen am EMBL
- iHOP, verlinkt Literatur (pubmed) mit Hilfe von Gen- und Protein-Synonymen
- Zfin, Zebrafisch spezifische Datenbank
[Bearbeiten] "Linkouts"
"Linkouts" verlinken zu externen Suchmaschinen oder bioinformatischen Serviceeinrichtungen.
- Genome-Browser, übersichtliche Darstellung aktueller Genome von der UCSC
- Mitocheck, Fluoreszenz-movies von siRNA Experimenten in Zellkulturen
- NCBI-Entrez, Meta-Suchmaschine des National Center for Biotechnology
- PolyMeta, Metasuchemaschine über PubMed, Scirus und andere Quellen Wissenschaftlicher Publikationen
- Google_Scholar, Google´s Literatursuche
- LOCATE subzelluläre Proteinlokalisations Datenbank (Maus)
[Bearbeiten] Literatur
- Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2004) 'Harvester': a fast meta search engine of human protein resources. Bioinformatics. 2004 Aug 12;20(12):1962-3. Epub 2004 Feb 26.[1]
- Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2005) Bioinformatic "Harvester": a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. Methods Enzymol. 2005;404:19-26[2]
[Bearbeiten] Weblinks
- Harvester III search engine at KIT Karlsruhe Institute of Technology
- Liebel-Lab at KIT