總統科學獎為中華民國層級最高的基礎科學研究獎勵，從2001年開始，每2年頒發一次，每屆上限為4名。
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總統科學獎的宗旨在於提升台灣在國際學術界之地位，獎勵國際上在數理科學、生命科學、社會科學及應用科學學術研究上具創新性且貢獻卓著之學者，尤以對台灣社會有重大貢獻之基礎學術研究人才為優先獎勵對象。
總統科學獎委員會由中央研究院院長、行政院國家科學委員會主任委員、總統府副秘書長、教育部部長、國家衛生研究院院長及五位大學校長、五位卓越科學研究人員代表共同組成，中央研究院院長擔任召集人。
候選人需要經過中央研究院院士或總統科學獎得主3人以上聯名推荐，也可以由總統科學獎委員會邀請學術、研發單位或團體推薦。
總統科學獎委員並將聘請數理科學、生命科學、社會科學、及應用科學4個小組的委員，負責審查，之後再由總統科學獎委員會及4個小組的召集人組成的聯席會議，決定得獎名單。
得獎人將由中華民國總統親自頒發新台幣200萬獎金、獎狀、獎座，並將會替得獎人舉辦演講等活動。
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