亞硫酸鹽定序（英語：Bisulfite sequencing）是一種利用亞硫酸鹽處裡，來測定DNA甲基化情形的方法。原理在於亞硫酸鹽可使DNA上的胞嘧啶（C）轉變成為尿嘧啶（U），同時已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影響。如此一來，就可以使實驗者得知DNA序列上甲基化的情形。
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