Eukaryota (classification phylogénétique)
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Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eukaryota (ou Eucaryotes), c'est-à-dire un arbre mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existantes entre les différents organismes vivants, ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et parfois en contradiction avec l'ancienne classification classique, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
[modifier] Arbre phylogénétiqueLe symbole ▲ renvoie à la partie de l'arbre phylogénétique de l'évolution immédiatement supérieure. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. 
 ▲ └─o Eukaryota ├─o Unikonta │ │ │ ├─o Amoebozoa ► │ │ │ └─o Opisthokonta │ │ │ ├─o Fungi ou Mycota ► │ └─o │ ├─o Mesomycetozoa ► │ │ │ └─o Metazoa ► │ └─o Bikonta ├─? Apusozoa │ ├─o Diphyllatea ou Collodictyonidae │ └─o Thecomonadea │ ├─? Hemimastigophora ou Spironemidae │ ├─o Ancyromonadidae │ └─o Apusomonadida └─o ├─o Cabozoa │ │ │ ├─o Excavata ► │ │ │ └─o Rhizaria ► │ └─o Corticata │ ├─o Plantae ou Archaeplastida ► │ ├─? Centrohelea ou Centroheliozoa │ ├─o Axoplasthelida ou Gymnosphaeridae │ └─o Centroplasthelida │ ├─o Heterophryidae │ ├─o Acanthocystidae │ └─o Raphidiophryidae └─o Chromalveolata │ ├─o Chromista ► │ └─o Alveolata ou Alveolobionta │ ├─o Ciliophora ou Ciliata ► └─o ├─o Ellobiopsidae ├─o Colponemea └─o Miozoa ou Myzozoa ├─o Dinozoa │ ├─o Perkinsea │ │ │ └─o Dinoflagellata ► └─o ├─o Apicomonadea ou Colpodellidae │ └─o Apicomplexa ► |
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[modifier] Débat scientifique relatif à la phylogénie des Eukaryota
À la suite du développement de la cladistique et des phylogénies moléculaires, la classification des organismes autres que bactériens (ou procaryotes) a été entièrement revue. Le regroupement de tout ce qui n'est ni plante verte, ni champignon, ni animal au sein des Protistes n'a plus lieu d'être. De très nombreux taxons, parfois monospécifiques, ont été reconnus comme monophylétiques. Leur regroupement est moins consensuel : place des organismes sans mitochondries, nombre d'endosymbioses de chloroplastes et phylogénie subséquente, etc.
[modifier] Classification selon Cavalier-Smith 1998
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également la nomenclature traditionnelle (règnes, phyla, classes, etc.).
Seuls les Protozoa sensu Cavalier-Smith sont développés ci-dessous. Les autres règnes le sont aux pages correspondantes.
└─o empire ou super-règne des Eukaryota ├─o règne des Protozoa (paraphylétique) │ ├─o sous-règne des Archezoa (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Metamonada │ │ │ ├─o sous-embranchement des Eopharyngia │ │ │ └─o sous-embranchement des Axostylaria │ │ └─o embranchement des Trichozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Anaeromonada │ │ └─o sous-embranchement des Parabasala │ └─o sous-règne des Neozoa (paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Sarcomastigota (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Neomonada (peut-être paraphylétique) │ │ │ ├─o sous-embranchement des Apusozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Isomita │ │ │ └─o sous-embranchement des Choanozoa (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Cercozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Phytomyxa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Reticulofilosa │ │ │ └─o sous-embranchement des Monadofilosa │ │ ├─o embranchement des Foraminifera │ │ └─o embranchement des Amoebozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Lobosa │ │ └─o sous-embranchement des Conosa │ │ ├─o infra-embranchement des Archamoebae │ │ └─o infra-embranchement des Mycetozoa │ │ ├─o super-classe des Eumyxa (peut-être paraphylétique) │ │ └─o super-classe des Dictyostelia │ ├─o infra-règne des Discicristata │ │ ├─o embranchement des Percolozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Tetramitia │ │ │ └─o sous-embranchement des Pseudociliata │ │ └─o embranchement des Euglenozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Plicostoma │ │ │ ├─o super-classe des Diplonemia │ │ │ └─o super-classe des Euglenoida │ │ └─o sous-embranchement des Saccostoma │ │ ├─o classe des Kinetoplastea │ │ └─o classe des Postgaardea │ ├─o infra-règne des Alveolata │ │ ├─o super-embranchement des Miozoa │ │ │ ├─o embranchement des Dinozoa │ │ │ │ ├─o sous-embranchement des Protalveolata (peut-être paraphylétique) │ │ │ │ └─o sous-embranchement des Dinoflagellata │ │ │ └─o embranchement des Sporozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Gregarinae │ │ │ ├─o sous-embranchement des Coccidiomorpha │ │ │ │ ├─o super-classe des Coccidia │ │ │ │ ├─o super-classe des Ascetospora │ │ │ │ └─o super-classe des Hematozoa │ │ │ └─o sous-embranchement des Manubrispora │ │ │ └─o classe des Metchnikovellea │ │ └─o super-embranchement des Heterokaryota │ │ └─o embranchement des Ciliophora │ │ ├─o sous-embranchement des Tubulicorticata │ │ ├─o sous-embranchement des Epiplasmata │ │ └─o sous-embranchement des Filocorticata │ └─o infra-règne des Actinopoda (peut-être paraphylétique) │ ├─o embranchement des Heliozoa │ └─o embranchement des Radiozoa │ ├─o sous-embranchement des Spasmaria │ └─o sous-embranchement des Radiolaria ├─o règne des Animalia ► ├─o règne des Fungi ► ├─o règne des Plantae ► └─o règne des Chromista ►
[modifier] Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al. 2003
L'analyse portait essentiellement sur les organismes à plastes, les Discicristés, Straménopiles et Alvéolés se retrouvant à l'intérieur d'un vaste clade rendant les Archéplastides paraphylétiques. Les Rhodophytes seraient la lignée la plus proche de la base des Bicontes (sous réserve de la place indéterminée des organismes sans mitochondrie). La place des Rhizariens n'est pas évoquée.
─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Opisthokonta │ ├─o Metazoa │ └─o Fungi └─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora
[modifier] Classification proposée par Adl et al. 2005
À la suite des nombreux travaux, notamment de Thomas Cavalier-Smith, réorganisant la classification des organismes à cellule eucaryote au fil des analyses phylogénétiques, ce comité a tenté de stabiliser une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques.
─o ├─o Amoebozoa ► ├─o Opisthokonta │ ├─o Fungi ► │ ├─o Mesomycetozoa (paraphylétique) ► │ ├─o Choanomonada ► │ └─o Metazoa ► ├─o Rhizaria ► ├─o Archaeplastida ► ├─o Chromalveolata (peut-être paraphylétique) │ ├─o Cryptophyceae ) │ ├─o Haptophyta ) ► │ ├─o Stramenopiles ) │ └─o Alveolata │ ├─o Dinozoa │ │ ├─o Dinoflagellata ► │ │ ├─o Oxyrrhis │ │ └─o Perkinsidae │ ├─o Apicomplexa ► │ ├─o Ciliophora ► │ └─? divers groupes │ ├─o Colponema │ └─o Ellobiopsidae ├─o Excavata (peut-être paraphylétique) ► └─? divers groupes : ├─o Ancyromonas ├─o Apusomonadidae ├─o Centrohelida │ ├─o Acanthocystidae │ ├─o Heterophryidae │ └─o Raphidiophryidae ├─o Collodictyonidae ├─o Ebriacea ├─o Spironemidae ├─o Kathablepharidae └─o Stephanopogon
[modifier] Arbre phylogénétique simplifié d'après Burki et al. 2007
Les Rhizaria, séparés des Excavata, se retrouvent ici au sein d'un même groupe avec les Chromalveolata, comme groupe-frère des seuls Stramenopiles.
─o ├─o Unikonta │ ├─o Amoebozoa │ │ ├─o Lobosea │ │ └─o Conosea │ └─o Opisthokonta │ ├─o Fungi │ └─o Metazoa ├─o Excavata │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jacobida │ └─o Discicristata └─o ├─o Plantae │ ├─o Rhodophyta │ └─o │ ├─o Glaucophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Haptophyta └─o ├─o Alveolata │ ├─o Ciliophora │ └─o │ ├─o Dinoflagellata │ └─o Apicomplexa └─o ├─o Stramenopiles │ ├─o Opalinata │ └─o │ ├─o Oomycetes │ └─o Heterokontophyta └─o Rhizaria ├─o Cercozoa └─o Foraminifera
[modifier] En savoir plus
[modifier] Sources bibliographiques de référence
[modifier] Sur les Eucaryotes en général
- Hwan Su Yoon, Jessica Grant, Yonas I. Tekle, Min Wu, Benjamin C. Chaon, Jeffrey C. Cole, John M. Logsdon Jr., David J. Patterson, Debashish Bhattacharya et Laura A. Katz (2008) « Broadly sampled multigene trees of eukaryotes », BMC Evolutionary Biology, 8:14
- Johanna Fehling, Diane Stoecker et Sandra L. Baldauf (2007) « Photosynthesis and the Eukaryote Tree of Life », in P. G. Falkowski et A. H. Knoll, Evolution of Primary Producers in the Sea, Elsevier, Boston, pp. 75-107
- Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski (2007) « Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups », PLoS ONE 2(8): e790
- Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J. Patterson, Laura A. Katz (2006) « Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity », PLoS Genet 2(12): e220
- Sina M. Adl, Alaistair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, Roger Anderson, John R. Barta, Samuel S. Bowser, Guy Brugerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thomas A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel et Max F. J. R. Taylor (2005) « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., 52 (5), p. 399–451
- Hwan Su Yoon, Jeremiah D. Hackett, Claudia Ciniglia, Gabriele Pinto et Debashish Bhattacharya (2004) « A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes », Mol. Biol. Evol. 21 (5) p. 809-818
- Hisayoshi Nozaki et alii (2003) « The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids », J. Mol. Evol. 56 p. 485-497
- Thomas Cavalier-Smith (2002) « The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 52, p. 297–354
- Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader (2001, 2006³) Classification phylogénétique du vivant, Belin, ISBN 2-7011-4273-3
- Sandra L. Baldauf, A. J. Roger, I. Wenk-Siefert et W. F. Doolittle (2000) « A Kingdom-Level Phylogeny of Eukaryotes Based on Combined Protein Data », Science (290), p. 972-977
- Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews 73, p. 203-266
[modifier] Sur les Opisthocontes en général
- Emma T. Steenkamp, Jane Wright et Sandra L. Baldauf (2006) « The Protistan Origins of Animals and Fungi », Molecular Biology and Evolution 23 (1) p. 93-106
[modifier] Sur les Chromalvéolés en général
- Hwan Su Yoon, Jeremiah D. Hackett, Gabriele Pinto et Debashish Bhattacharya (2002) « The single, ancient origin of chromist plastids », P.N.A.S. 99 (24) p. 15507-15512
[modifier] Sur les autres taxons
Voir aux pages qui leur sont consacrées (cliquer sur les ► dans l'arbre).[modifier] Autres sources bibliographiques
[modifier] Sources internet
- Mikko's Phylogeny Archive
- The Taxonomicon
- Palaeos.org
- Micro*scope
- NCBI Taxonomy Browser
- The Tree of Life Web Project
[modifier] Liens internes
- Eukaryota -- Archaeplastida -- Mycota -- Metazoa
- Série Orientation bibliographique :
- Photo-guide taxinomique du monde végétal
- Arbre phylogénétique
- Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader
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