Struttura terziaria
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In biochimica la struttura terziaria di una proteina o di una qualsiasi altra macromolecola è la sua disposizione nello spazio tridimensionale.
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[modifica] Relazioni tra struttura primaria e terziaria
La struttura terziaria di una proteina è una struttura funzionale che dipende dalla sequenza di aminoacidi che la compongono (struttura primaria). Le interazioni di folding (ripiegature) sono invece instaurate dalle strutture secondarie, che costituiscono le parti fondamentali, dette epimeri. I legami chimici che possono contribuire al mantenimento della struttura terziaria sono il legame idrogeno, le interazioni dipolo-dipolo che, instaurandosi tra i vari aminoacidi, inducono forze più deboli ma molto numerose come le forze di Van der Waals, interazioni termiche, ioniche reversibili.
La struttura primaria, ossia la sequenza di amminoacidi che compone la proteina è largamente responsabile della sua struttura terziaria. Infatti, basandosi solo sulla sequenza di amminoacidi, è oggi possibile ottenere delle "previsioni di struttura terziaria" utilizzando software specifici. L'ambiente in cui una proteina si ripiega ha una certa influenza sulla determinazione della struttura terziaria, perché gli amminoacidi della struttura primaria di ripiegheranno per ottimizzare le interazioni con il solvente.
[modifica] Tipi di struttura terziaria
Nelle proteine globulari, gli aminoacidi idrofobici tendono a localizzarsi all'interno della struttura, mentre quelli idrofilici si espongono verso l'esterno, facilitando il legame con l'acqua e rendendo quindi più efficace la soluzione. Nelle proteine che vengono escrete dalla cellula senza dimorare per molto tempo nel citoplasma, si creano dei legami molto forti tra due residui di cisteina (ponti disolfuro) che determinano strutture terziarie molto stabili.
Alcuni tipi di struttura terziaria sono comuni a un grande numero di proteine che non sono né funzionalmente né evolutivamente correlate fra loro. Una di queste forme che si ripete è denominata TIM barrel (TIM = acronimo dell'enzima triosofosfatoisomerasi).
Non tutte le proteine presentano dei tipi ordinati e stabili di struttura terziaria: alcune sono ripiegate in maniera non definita (random coil). Presentano questa struttura le catene non troppo lunghe o alcune regioni di collegamento di proteine multidominio.
[modifica] Determinazione della struttura terziaria
Generalmente per determinare la struttura terziaria si utilizza il metodo della diffrazione oppure ci si affida a tecniche più recenti come la spettroscopia di risonanza magnetica nucleare, detta anche NMR.
